Добрый день.
Цитата: это действительно очень проблематично будет не только для бухгалтера но и для работника если он захочет возместить НДФЛ.
Для работника это не влечёт никаких последствий. Он может получать доход у разных работодателей, которые будут отчитываться в разные НИ, но за вычетом придёт в свою инспекцию (куда, возможно, не отчитывается ни один из работодателей) и без проблем его получит (п. 7 ст. 220; п. 2 ст. 229 НК).
Цитата: Я бы наверно закрепила в Трудовых договорах по каждому работнику к какой системе налогообложения он относится выполняя определённые операции, возможно это не корректно, но не будут же бегать за каждым работником и смотреть какую продажу он сейчас сделал по ЕНВД или УСН.
Бегать, конечно, не нужно. А относить к той или иной системе налогообложения придётся, основываясь не на записи в ТД, а на сути операции.
Если каждый работник фактически будет выполнять операции, относящиеся к разным режимам налогообложения, их доходы придётся делить.
Если получится "разделить" работников (кто-то будет заниматься только ЕНВД, кто-то - оформлять операции на УСН), нужно закрепить это в должностных инструкциях и/или трудовых договорах.